Dédiée à Saint Jean le Baptiste, patron de la ville, l‘église actuelle a vraisemblablement été édifiée sur les ruines d’une église primitive.
Les parties les plus anciennes, comme le clocher porche et quelques fenêtres donnant sur la rue Gambetta datent du XIVè ou XVè siècles. Le bâtiment fut maintes fois détruit par les nombreux incendies qu’à connu la ville, régulièrement ravagée par les invasions espagnoles. Au XVIIè siècle, le développement de la pêche à la baleine et à la morue fait de Saint-Jean-de-Luz une ville florissante de près de 12 000 âmes et les fidèles sont à l’étroit.
En 1649, on fait appel à Louis de Milhet, architecte du Roi fixé à Bayonne, qui établit les nouveaux plans de l’église. Ceux-ci visent à doubler la superficie de l’édifice en repoussant le mur Nord au détriment du cimetière qui s’étend autour de l église. Les travaux s’achèveront vers 1680 et verront la construction de l’abside et des chapelles latérales. C’est dans une église en chantier que se marieront Louis XIV et l’Infante Marie Thérèse, en 1660. Le portail principal, orné de la statue de Saint Jean-Baptiste, tenant son bâton de berger à la main, est créé entre 1664 et 1666. L’ancienne porte dite « Louis XIV », devenue inutile , aurait été murée à cette époque.
Tout en décrochements, le bâtiment mesure 50 m de long, 17 m de large et 20 m de haut. Il est dominé par un imposant clocher-porche dont le dernier étage, octogonal, culmine à 35 m. L’escalier extérieur et sa balustrade, qui permet d’accéder aux tribunes, datent de 1755.
