Elle commence en 1835 lorsque la Ville de Paris attribue une concession à un prestidigitateur, prélude à la construction d’une petite salle appelée les Folies-Marigny.
Mais c’est sous la direction d’Offenbach que le théâtre fut inauguré en 1855 et connut dans les années suivantes,les plus grands succès.
L’architecture circulaire actuelle, conçue par Charles Garnier l’architecte de l’Opéra de Paris, date des années 1880.
A partir de 1910, nouvelle période de grands succès sous la direction d’Abel Deval, puis de Léon Volterra qui, en 1925, le fit reconstruire pour y installer une salle spacieuse et confortable. En 1946, Léon Volterra abandonne la direction à Simone Volterra, période glorieuse puisqu’il devient le phare des années d’après-guerre.
1965, une nouvelle direction: Elvire Popesco, Hubert de Malet et Robert Manuel, redonne vie au théâtre en réaménageant la salle devenue depuis la plus luxueuse et la plus élégante de la capitale.
En 1978, Jean Bodson prit en main les destinées du théâtre et effectue de très gros travaux de rénovation et crée la Salle Gabriel, petit théâtre de 311 places, dont la réussite, est telle qu’à son ouverture l’enthousiasme est général.
En janvier 1980. Christiane Porquerel  lui succède en s’assurant de la collaboration directoriale de Jean-Jacques Bricaire.
Le théâtre, avec deux salles, continue à connaître avec Daniel Auteuil, Roman Polanski, François Périer, Thierry Le Luron, Jean-Paul Belmondo et autres, des pièces à très gros succès, complétées par l’organisation des émissions de télévision « Au Théâtre ce soir ».
En 2000, François Pinault devient le propriétaire du Théâtre Marigny et fait appel à Robert Hossein pour assurer la direction artistique jusqu'en 2008, ; Pierre Lescure le remplace.
En février 2018, Jean-Luc Choplin est nommé directeur général du Théâtre. Il a pour ambition d’en faire Le plus beau, Théâtre du Monde, sur la plus belle avenue du monde. 
Le Théâtre Marigny est un théâtre Fimalac Culture.